PROTEL99的電性圖層分為兩種，打開一個PCB設計文檔按，快捷鍵L，出現圖層設置窗口。左邊的一種（SIGNAL LAYER)為正片層，包括TOP LAYER、BOTTOM LAYER和MIDLAYER，中間的一種(INTERNAL PLANES)為負片層，即INTERNAL LAYER。這兩種圖層有著完全不同的性質和使用方法。
正片層一般用於走純線路，包括外層和內層線路。負片層則多用來做地層和電源層。因為在多層板中的地層和電源層一般都是用整片的銅皮來作為線路（或做為幾個較大塊的分割區域），如果用MIDLAYER即正片層來做的畫則必須用鋪銅的方式來實現，這樣將使整個設計數據量非常大，不利於數據交流傳遞，且會影響設計刷新速度。而用負片則只需在外層與內層的連接處生成一個花孔（THERMAL PAD）即可，對於設計和數據傳遞都非常有利。
內層的添加與刪除
在一個設計中，有時會遇到變換板層的情況。如把較複雜的雙面板改為四層板，或把對信號要求較高的四層板升級為六層板等等。這時需要新增電氣圖層，可以如下操作：
DESIGN-LAYER STACK MANAGER,在左邊有當前層疊結構的示意圖。點擊想要添加新層位置的上面一個圖層，如TOP,然後點擊右邊的ADD LAYER(正片）或ADD PLANE(負片），即可完成新圖層的添加。
注意如果新增的圖層使PLANE(負片）層的話，一定要給這個新層分配相應的網路（雙擊該層名）!這裡分配的網路只能有一個（一般地層分配一個GND就可以了），如果想要在此層（如作為電源層）中添加新網路，則要在後面的操作中做內層分割才能達到，所以這裡先分配一個連接數量較多的網路即可。
如點擊ADD LAYER則會新增一個MIDLAYER（正片），應用方法和外層線路完全相同。
如果想應用混合電氣層，即既有走線又有電源地大銅面的方法，則必須使用ADD LAYER來生成的正片層來設計（原因見下）。
內電層的分割
如果在設計中有不只一組電源，那可以在電源層中使用內層分割來分配電源網路。這裡要用到的命令是：
PLACE-SPLIT PLANE,在出現的對話框中設定圖層，並在CONNECT TO NET處指定此次分割要分配的網路，然後按照鋪銅的方法放置分割區域。放置完成後，在此分割區域中的有相應網路的孔將會自動生成花孔焊盤，即完成了電源層的電氣連接。可以重複操作此步驟直到所有電源分配完畢。當內電層需要分配的網路較多時，做內層分割比較麻煩，需要使用一些技巧來完成。
此處還需要注意一個問題：PROTEL中有兩種大銅皮的電氣連接方式（不包括PLACE FILL),一種為POLYGON PLANE,即普通的覆銅，此命令只能應用於正片層，包括TOP/BOT/MIDLAYER，另一種為SPLIT PLANE,即內電層分割，此命令只能應用於負片層即INTERNAL PLANE。應注意區分這兩個命令的使用範圍。
修改分割鋪銅的命令：EDIT-MOVE-SPLIT PLANE VERTICES
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